Институт сильноточной электроники СО РАН связан с Томским политехническим университетом самими своими корнями. Ядро коллектива будущего ИСЭ составила руководимая Геннадием Андреевичем Месяцем группа сотрудников сектора высоковольтной аппаратуры и миллимикросекундной техники НИИ ядерной физики при ТПИ, начало деятельности которой относится к середине 1960-х годов. В 1969 году, когда в Томске началось формирование академической науки, Г.А. Месяцу и его сотрудникам было предложено возглавить отдел в создаваемом тогда Институте оптики атмосферы. А в 1977 году в Томском Академгородке был открыт Институт сильноточной электроники. Так родилось новое научное направление, объединившее разработку методов генерирования сверхмощных электрических импульсов, потоков заряженных частиц и электромагнитных излучений, физику вакуумного и газового разряда, исследование воздействий мощных потоков частиц и энергии на вещество. Сегодня ИСЭ является в этой отрасли науки признанным мировым лидером.
Основатель, первый директор, а ныне научный руководитель ИСЭ академик Г.А. Месяц возглавляет Совет попечителей Томского политехнического университета.
Сегодня между ИСЭ и ТПУ налаживается взаимодействие по новым направлениям. Томский политехнический университет является участником НОЦ «Сильноточная электроника». В 2008 году ИСЭ в рамках участия в Инновационной образовательной программе ТПУ разработал для университета 11 учебно-исследовательских комплексов на основе уникальных электрофизических установок. Совместными усилиями выполняются исследования и разработки по применению методов и устройств сильноточной электроники в самых разных технологиях от воздействия на материалы до космоса.