В Новосибирске Никитин получил направление в отдел капитального строительства областного крайкомхоза - архитектором. Вскоре, вопреки принятым правилам, молодой архитектор переиначил присланный из столицы проект Новосибирского железнодорожного вокзала, сделав его более современным и привлекательным. Новые большепролётные конструкции в виде высоких арок Никитин запроектировал в возлюбленном железобетоне. И это в те времена, когда архитекторы корректно, но упорно сопротивлялись приходу железобетона на стройку. Московские авторы проекта бурно протестовали, но акт о приемке вокзала был всё же подписан. Тем самым было признано внедрение крупнопролётных конструкций из сборного железобетона в строительство общественных зданий.
В Новосибирске архитектор Никитин самостоятельно разработал комплексный проект общежития в центре города на Красном проспекте. Смело внедряя полученные в Томске знания, он спроектировал оригинальный 4-этажный дом. Тот имел большую протяженность и единый железобетонный каркас.
Молодой архитектор поставил дом на монолитный фундамент. Для страны почти всё это было внове. Никитину пришлось спроектировать специальные формы для изготовления железобетонных опор, ферм и балок. Так сам архитектор переделывался в конструктора, работа которого была для него любима.
А для ускорения строительства он решил изготовить детали каркаса фабрично-заводским способом. На кирпичном заводе за речкой Каменкой было налажено полукустарное производство железобетонных опор, балок и ферм. Тем самым Николай Никитин закладывал основы отечественного сборного строительства.
Тогда же он разработал конструкции для семиэтажного здания исполкома в городе Кузнецке. Заявку ему прислала Пирожкова, ставшая строителем первой сибирской домны. Архитектора здания в Кузнецке Никитин хорошо знал: профессор Крячков преподавал раньше в Сибирском технологическом архитектуру.
Большой творческой школой для Никитина стало проектирование Крымской ветровой электростанции на Ай-Петри над Ялтой. Вместе со своим старшим другом - выдающимся изобретателем Юрием Кондратюком, они выиграли всесоюзный конкурс. Сибиряки придумали монолитную железобетонную башню высотой 165 метров. Она должна была вращаться вместе с машинным залом. Очень многое в проекте авторы просто-напросто изобретали или делали впервые. Вспоминая те времена, Николай Васильевич говорил: \"Методикой расчета высотных сооружений я овладел только потому, что участвовал в проектировании башни на Ай-Петри \".
Для доработки проекта академик Борис Галёркин предложил Никитину и Кондратюку переехать в Москву. Друзья работали вместе ещё более трех лет. Весной 37-го был заложен фундамент их ветроэлектростанции, но дальше этого дело не пошло. Потому что ушёл из жизни Серго Орджоникидзе, которому принадлежала идея строительства.
В том же году академик Галёркин рекомендовал Никитина архитектору Борису Иофану для работы на Дворце Советов. То был нереализованный эпохальный проект. Верхняя отметка Дворца равнялась 415 метрам. Никитин делал расчёт на устойчивость и контрольный расчёт фундамента, а также определял динамику ветровых нагрузок и колебаний первого советского небоскрёба. Осуществление проекта остановила война.
С весны 42-го Никитин работал в Новосибирске во вновь созданной организации Промстройпроект. Он проектировал типовые железобетонные детали для оборонной промышленности и строительной индустрии. Потому что срочно потребовались помещения для эвакуированных заводов. Никитин оказался у самых истоков поточного индустриального строительства, сам изобрёл множество новых конструктивных деталей и систем.
С 45-го, с началом работ по возведению здания МГУ на Воробьёвых (Ленинских) горах, Никитин делил свою рабочую неделю надвое. В Промстройпроекте он трудился над типовыми проектами новых заводских корпусов, а остальные три дня проектировал фундамент главного здания университета. Работал с утра до полуночи и \"сплошь все воскресенья\". Его жена Екатерина Михайловна работала в отделе основных конструкций МГУ под руководством мужа. Никитины снимали тогда комнату на старой даче на окраине столицы. Жена сообщала в Новосибирск в письме свекрови: \"Коля ужасно много работает и не имеет ни минуты свободного времени… всё готов забыть в работе… в голове у него одни формулы и расчёты.\" Лишь в августе 57-го семейство Никитиных с маленьким Николкой переселится из коммунальной квартиры в небольшую, но самостоятельную на Чеховской улице. Новая квартира скоро переполнится книгами: хозяин был книгочеем.
Спроектированные Никитиным для МГУ коробчатые фундаменты устанавливались затем на всех шести первых московских высотных зданиях, так или иначе ставших известными почти всем жителям Союза. Фундамент главного здания МГУ имеет протяженность 200 метров и не имеет при этом температурных швов. В те же годы Никитину было поручено разработать несущие конструкции для Дворца культуры и науки в Варшаве.
В Промстройпроекте Никитин разработал новый тип волнистых асбестоцементных плит для зерновых складов, ангаров и промышленных галерей. Вместе с коллегами он же создал прогрессивную технологию возведения облегченных шедовых оболочек из железобетона толщиной не более пяти сантиметров.
Будучи ведущим специалистом сразу трех важнейших проектных организаций страны (Моспроекта, Промстройпроекта и Управления по строительству Варшавского дворца науки и культуры), Никитин был вынужден одновременно изобретать строительные механизмы и приспособления, конструировать строительные детали и проектировать дворцы.
В проекте всероссийской строительной выставки Никитин придумал, как возвести здание пролетом сто метров без промежуточных опор. Правда, строители тогда на такое не решились, и идея впервые будет реализована на строительстве летнего катка в Лужниках.
В 58-ом в Москве был организован Институт экспериментального проектирования. Никитина пригласили туда главным конструктором, и он стал заместителем директора по научной части. И здесь, и ещё раньше, в Промстройпроекте и Моспроекте, он многое сделал на ниве архитектурного поиска основ строительной эстетики.
В те годы интенсивно застраивались окраины Москвы, Ленинграда и Киева. Во многих городах страны, по примеру Москвы, возникали свои Черёмушки. Никитину поручили руководство конструктивной частью экспериментального жилого района Тропарёво в Москве. Его проект 24-этажных домов-башен, с зеленой зоной и озером получил первую премию на международном конкурсе, но строители оказались не готовы к воплощению. Идеи конструктора будут использованы позже.